Dos plataformas abiertas con información citogenética sobre plantas: GSAD y Plant rDNA Database

Conocer la información citogenética sobre los vegetales es básico para los estudios de clasificación de las especies y para impulsar nuevos estudios en agricultura y mejora de los cultivos. Este es el objetivo de dos plataformas en línea de acceso abierto a toda la comunidad científica que compilan información cromosómica y sobre la medida del genoma de diferentes plantas. Los portales han sido desarrollados por el Grupo de Investigación EtnoBioFic, integrado por expertos del Laboratorio de Botánica de la Facultad de Farmacia de la Universidad de Barcelona (unidad asociada al CSIC), el Instituto Botánico de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) y la Universidad de París Sur (Francia).

Plant rDNA Database es la primera base de datos que recoge información sobre la localización de los genes que codifican para el ADN ribosómico (ADNr) de las plantas. Por otro lado, la web Genome Size in Asteraceae Database (GSAD) recopila la información sobre la medida del genoma de una de las familias de plantas angiospermas más grandes y económicamente más importantes: las asteraceas compuestas (Asteraceae).

Genes que codifican para el ADN ribosómico

El número, la posición y la organización de los genes del ADN ribosómico (5S y 18S-5.8S-26S) en los cromosomas se consideran características de una determinada especie, género o grupo de plantas. Esta información es de gran valor, por tanto, para la investigación básica, el estudio del genotipo, la biología evolutiva y los programas de mejora de plantas y cultivos. «Consultando esta plataforma web, los investigadores pueden saber si hay resultados publicados sobre los grupos de estudio en cualquier ámbito taxonómico y acceder a un fondo en el que se pueden analizar y comparar los datos», explica Sònia Garcia, investigadora del Laboratorio de Botánica de la Facultad de Farmacia y miembro del Grupo de Investigación EtnoBioFic.

La base de datos sobre el ADN ribosómico se ha obtenido a partir de más de seiscientas publicaciones científicas sobre citogenética molecular de plantas. «Más del 50% de las publicaciones listadas son de los últimos diez años, una tendencia que demuestra el interés creciente por esta información y la necesidad de compilarla», afirma Sònia Garcia. «Hasta ahora —continúa la investigadora— estos datos eran muy difíciles de encontrar, y estaban dispersos en una gran variedad de publicaciones». La base de datos contiene información sobre la localización de los genes de ADNr de angiospermas, gimnospermas, briófitos y pteridófitos.

Primera base de datos sobre la medida del genoma de una familia de plantas

El portal GSAD contiene datos sobre la medida del genoma de aproximadamente 1.200 especies de Asteraceae, una de las grandes familias de angiospermas, recopiladas a partir de 133 publicaciones científicas. La familia Asteraceae se distribuye por todo el mundo, con la excepción de la Antártida, y comprende cerca de 25.000 especies, entre las cuales hay algunas que son económicamente importantes, como por ejemplo el girasol, la lechuga, la alcachofa o el crisantemo. Se trata de la primera base de datos que recoge este tipo de información centrada en una sola familia de plantas.

El conocimiento de la medida del genoma o la cantidad total del ADN del núcleo celular se utiliza en estudios comparativos de genética evolutiva en seres vivos o como herramienta para evaluar el coste de los programas de secuenciación. «La GSAD informa directamente a los investigadores, sin que haya que buscar entre los numerosos datos repartidos en la bibliografía científica, sobre todo aquello que se conoce acerca del tamaño del genoma en esta familia», remarca Garcia. «Así, se evitan duplicidades de esfuerzos y se pueden detectar los vacíos en el conocimiento o los temas que puedan atraer más interés en el estudio del genoma de las Asteraceae», concluye.

Estas dos herramientas puestas al alcance de la comunidad científica internacional surgen de la investigación del Grupo EtnoBioFic, dirigido por el catedrático Joan Vallès, del Departamento de Productos Naturales, Biología Vegetal y Edafología de la UB y el Laboratorio de Botánica de la Facultad de Farmacia, y por la investigadora Teresa Garnatje, del Instituto Botánico de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB). El grupo está interesado fundamentalmente en comprender la historia evolutiva de diferentes grupos de plantas, así como la evolución de su genoma y los procesos implicados en ella. Además de esta aproximación citogenética, el equipo también lleva a cabo trabajos de filogenia y filogeografía. Completan sus líneas de investigacón el estudio de la historia de la botánica y las investigaciones etnobotánicas, es decir, investigaciones sobre las relaciones entre personas y plantas y el saber popular sobre el mundo vegetal —en concreto, en los territorios de lengua catalana—, sobre todo con estudios etnoflorísticos y prestando una atención especial a los usos medicinales y alimentarios de las plantas.

Enlaces web:

Plant rDNA Database

http://www.plantrdnadatabase.com/

Genome Size in Asteraceae Database (GSAD)

http://www.asteraceaegenomesize.com