Henrik Pontoppidan nació en Fredericia, en la Península de Jutlandia, Dinamarca, el 24 e julio de 1857.
A poco de nacer Henrik, la familia se mudó al pueblo de Randers, que había sido invadido y saqueado por las tropas austríacas y prusianas. La visión de la destrucción y la miseria dejada atrás por la guerra causó una fuerte impresión en el pequeño Henrik, que se traduciría en el pesimismo de sus novelas, en varias de las cuales retornaría sobre el tema de las guerras y las penurias subsiguientes.
Abandonó los estudios de ingeniería en el Instituto Politécnico de Copenhague, dedicándose durante treinta y un años a la docencia como profesor de escuela secundaria, y posteriormente al periodismo. Publicó una obra literaria por primera vez en 1881.
Fue autor de novelas y relatos cortos en el género del realismo naturalista, siendo sus obras un retrato de la sociedad de la época. Entre 1891 y 1916 Henrik produjo, posiblemente, las obras más importantes de su carrera. Se trata de tres series de novelas irónicas, pobladas de personajes que se esfuerzan por cambiar sus lugares en el mundo, mientras el mundo se confabula para frustrar sus deseos. La carga de la naturaleza, como siempre, se hace presente aquí para doblegar a los hombres bajo su peso brutal.
La Tierra Prometida, en tres tomos (1891-1895); Pedro el Afortunado, en ocho tomos (1898-1904); y El reino de los muertos, en cinco tomos (1912-1916); los dos últimos analizan el sistema de cosas de principios del siglo XX y muy especialmente el mundo de las ideas y de las creencias religiosas, atacando con enorme furia el entorno de la ortodoxia teológica en el cual Henrik fue criado y que odiaba con todo su corazón. Mientras los demás escritores abandonaban la crítica social, cansados de la depresión y las continuas crisis en que se debatían los sucesivos gobiernos daneses, Pontoppidan acentuó aún más sus ataques contra la corrupción y dejadez de sus gobernantes, los cuales dejó plasmados en su excelente libro de cuentos Nubes (1890). En él retrata la cobardía del pueblo, que prefiere tolerar el retraso y la corrupción con tal de no abandonar sus cómodas, pequeñas vidas.
En su autobiografía, el escritor confiesa que luego regresó a la novela, la que, a pesar de la mala fama que se le atribuía, era, a su juicio, el género que más se aproximaba al drama clásico y a la epopeya épica.
En 1917 Henrik ganó el Premio Nobel de Literatura (compartido con Karl Gjellerup). Los demás escritores estuvieron de acuerdo con las palabras de Thomas Mann, quien afirmó que el danés era un poeta épico nato, un conservador que ha preservado para nosotros el gran estilo de la novela.
Pontoppidan decía de sí mismo, en cambio, que era un narrador tradicional. La realidad es que ningún otro novelista danés ha logrado una tan precisa interpretación de su propia sociedad y de los tiempos que le tocó vivir.
Falleció el 21 de agosto de 1943