En este estudio publicado en Science, los investigadores se interesaron en particular por el café robusta, debido a su genoma de tamaño medio (710 millones de pares de bases de ADN) y a su carácter diploide (a diferencia del Coffea arabica, que es tetraploide). El genoma del café estudiado, cultivado por el IRD en los años 80 en Costa de Marfil, presentaba, además, la ventaja de ser un material vegetal homocigótico (dos series idénticas de once cromosomas), más fácil de analizar que los heterocigotos naturales.
Mediante diversas tecnologías de secuenciación, el Genoscope (CEA) coordinó la obtención de la secuencia de ADN del café, agrupada en grandes fragmentos susceptibles de ser empleados en diferentes tipos de análisis. A continuación, los equipos del IRD y del CIRAD unieron dichos fragmentos de secuencia sobre un mapa genético de alta densidad con el fin de reconstruir pseudocromosomas. Por último, se realizó y validó un catálogo de los genes y secuencias repetidos, lo que permite la comparación con otras plantas.
Una fase fundamental
De este modo, los investigadores establecieron una secuencia genómica de referencia para las plantas de café (que incluye la especie Coffea arabica), y más concretamente, para las rubiáceas, una de las familias más vastas de plantas con flores (reagrupa aproximadamente 12 500 especies).
El análisis comparado de genomas realizado por el consorcio internacional ha desvelado también que la estructura del genoma del café es la más habitual dentro del grupo de las astéridas (familia a la que pertenecen la patata y el tomate) y es muy próxima a la de la especie ancestral de la que han derivado todas las plantas dicotiledóneas verdaderas (o eudicotiledóneas) a lo largo de su evolución. Por último, el estudio del genoma profundiza en el conocimiento del metabolismo secundario de las plantas y de su diversificación. Un análisis comparativo con el genoma de la planta del cacao muestra, principalmente, que la biosíntesis de la cafeína se debe a las enzimas particulares de cada especie, que aparecieron en diversos momentos a lo largo de la evolución.
A largo plazo, la identificación de la secuencia del genoma del café ofrece nuevas perspectivas en cuanto a mejora de la variedad, conocimiento de las funciones concretas de los genes (sobre todo de los específicos del café), la posibilidad de transferir los resultados a otras especies y la implementación de herramientas de diagnóstico del funcionamiento de la planta.
De este modo, se facilitará la realización de proyectos aplicados, como la selección o la creación de variedades del cafeto que presenten mejores características tecnológicas o cualitativas, y que sean más resistentes a las limitaciones medioambientales y a los bioagresores, como, por ejemplo, la roya amarilla, que afecta a las hojas. De hecho, esta enfermedad aún tiene un impacto considerable sobre el cultivo de café y sobre la economía de pequeños países productores de Centroamérica como Guatemala, Honduras o Costa Rica. En definitiva, este hallazgo debería contribuir a orientar a los productores hacia una agricultura intensiva a la par que ecológica.
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