El 8 de abril de 1994 Juan Pablo II abrió las puertas de la Capilla Sixtina para mostrarla al mundo en toda su grandeza restaurada.
En sí los experimentos preliminares para la restauración empezaron en 1979, por el equipo conformado por Gianluigi Colalucci, Maurizio Rossi, Piergiorgio Bonetti entre otros.
Colalucci, jefe restaurador del Laboratorio para la Restauración de las Pinturas de los Monumentos, Museos y Galerias Papales, empezó unos experimentos para determinar el mejor enfoque para la restauración de los frescos de la Capilla Sixtina. Las investigaciones empezaron con las pruebas al frescos ubicado en la pared Disputa sobre el cuerpo de Moises de Matteo da Lecce, que tenía unas características físicas y químicas en su técnica pictórica parecida a la usada en los frescos de Miguel Ángel. Las pruebas para encontrar los disolventes adecuados siguieron en pequeños trozos de las pinturas sobre Eleazar y Matan.
Debido a la altura de los techos y a la inaccesibilidad de los frescos de la bóveda, no se pudo prever un análisis detallado de la naturaleza de los daños y de los problemas que los restauradores se iban a encontrar hasta que la restauración se llevase a cabo y hasta que los andamios se pusiesen en la capilla. Parecía como si el análisis científico y la respuesta de los restuaradores a los problemas particulares formase parte dinámica del proceso y por tanto cambiante, más que algo que el equipo hubiese decidido aplicar a toda la estructura.
En 1980 se tomó la decisión de llevar a cabo la restauración completa. La Nippon Television financió con 4,2 millones de dólares a cambio de los derecho para grabar el trabajo.
El equipo de restauración usó para sus andamios de aluminio los mismos agujeros usados por Miguel Ángel para el andamio original. Así consiguieron completar la primera parte de la restauración, la de las superficies verticales y las spandrels curvas de las secciones superiores de las ventanas. Cuando siguieron con la bóveda, también utilizaron un sistema similar al usado por Miguel Ángel, que incluía voladizos que salían del andamiaje para apoyar plataformas desde donde restaurar el techo. Las facilidades de los materiales ultraligeros modernos facilitó la creación de estructuras con ruedas que facilitaban el movimiento a lo largo de la sala, ya que en la época de Miguel Ángel se debía desmantelar y reconstruir las estructuras para moverlas.
Los descubrimientos de las investigaciones de 1979 mostraron que el interior de la capilla, y particularmente el techo, estabanf cubiertos con una mezcla de humo de velas compuesto por cera y hollín (carbono amorfo). Sobre las ventanas (la principal fuente de ventilación), las lunettes estaban prácticamente opacas por el humo y los gases de la ciudad, mucho más sucias que el propio techo.8 El edificio era un poco inestable y ya se había movido antes de los trabajos de Miguel Ángel en 1508, lo que provocó grietas en el techo y en una pechina que eran tan grandes que se rellenaron con ladrillos y mortero antes de pintar. La zona superior de la bóveda ofrecía a Miguel Ángel una superficie irregular debido a las grietas y a las filtraciones de agua.
La continua entrada de agua por el techo y por los pasillos al aire libre que se encuentran por encima del nivel de la bóveda provocaron las filtraciones de agua que introdujeron sales del mortero del edificio y la depositaron en la bóveda debido a la evaporación. En algunas zonas esto hizo que la superficie de los frescos se levantase y abombase. Aunque la pérdida de color era un problema serio, el abombamiento de la superficie no lo era, ya que la fineza y transparencia de la pintura que usaba Miguel Ángel en la mayor parte de la bóveda permitía el paso de las sales sin que se quedasen bajo la superficie.4
Todas las restauraciones previas habían dejado su marca en los frescos. Para eliminar el blanqueo producido por el salitre, se aplicó grasa animal y aceite vegetal, que hacía más transparentes los cristales de sal, pero que dejaba una capa pegajosa que acumulaba suciedad. Otro problema, más obvio en los pequeños puttos que sujetan los nombres en las pechinas, era el salitre filtrándose por las pequeñas grietas y provocando anillos oscuros en la superficie. A diferencia de los depósitos de sal cristalinos, estos no se pueden eliminar y la mancha es irreversible. Las capas de barniz y pegamento se habían aplicado a muchas áreas. Estas se habían oscurecido y vuelto opacas. Los restauradores habían pintado detalles sobre las zonas oscurecidas para definir los rasgos de las figuras. Esto era especialmente significativo en los lunettes, sprandels y las partes bajas de las pechinas.
Se descubrió, tras un intensivo examen, que quitando los depositos de humo, filtraciones de agua y grietas estructurales, la fina «piel pictórica» de los frescos de Miguel Ángel estaba en perfectas condiciones. Se cree que Miguel Ángel había usado las mejores tácnicas del fresco, como describe Giorgio Vasari. La mayor parte de la pintura estaba bien adherida y necesitaba pocos retoques. El yeso sobre el que las pinturas se encontraban necesitaba en general asegurarse ya que los anteriores restauradores habían puesto clavijas de bronce en él.
En la restauración se perdió uniformidad al igual que finos detalles arquitectónicos hechos en seco: las conchas, las bellotas y adornos, que Miguel Ángel probablemente encargó a algunos de sus asintentes. El tratamiento de estos datos varían considerablemente. En algunas ocasiones, por ejemplo en el ala de Ezequías, los detalles arquitectónicos fueron pintados «al fresco» y han permanecido intactos.
Cuando se anunció que se iba a restaurar los frescos de la Capilla Sixtina, se lanzaron muchas preguntas y objeciones por parte de los historiadores de arte de todo el mundo. Uno de los que hizo oír su voz más alta fue James Beck de la ArtWatch International. Alertó varias veces sobre el posible daño a la obra de Miguel Ángel con una restauración de esa magnitud. Un argumento que se ha usado repetidamente es que todas las intervenciones anteriores habían dañado de una u otra forma la obra. Cualquier restauración, en contrapunto con la conservación, pone en riesgo la obra de arte. La conservación ayuda a preservar el trabajo en su estado actual y lo previene de un deterioro futuro. Beck escribió sobre todas estas preocupaciones en Art Restoration, the Culture, the Business and the Scandal.
En la retórica de esta conversacióm, [los conservadores] dicen que la restauración anterior no fue buena -ahora vamos a hacer una verdaderamente buena. Es como hacerse un lifting. ¿Cuántas veces puede hacerse una persona un lifting sin que su pobres piel parezca una piel de naranja?.
La parte de la restauración de la Capilla Sixtina que provocó mayores temores fue el techo, pintado por Miguel Ángel. La aparición de colores brillantes en la Genealogía de Cristo, que hasta entonces se encontraba en la penumbra, alimentaron el miedo a que los métodos empleados en la limpieza fuesen demasiado agresivos. A pesar de los avisos el trabajo en la bóveda continuó y, según algunos críticos como James Beck, sus peores temores se confirmaron cuando se completó la limpieza del techo.
El Estado Vaticano en su pagina oficial apunta que: “De este trabajo salió a la luz un Miguel Ángel nuevo, cuyo recuerdo se había perdido a causa del humo de las velas y de las restauraciones (que habían consistido en repintar o en “avivar” los colores, con el resultado de degradarlos, y opacando todavía más las pinturas), que habían ennegrecido las superficies: antes se pensaba que Miguel Ángel había dado mayor importancia al dibujo que al color. Una vez efectuada la limpieza, hubo que actualizar o modificar completamente muchas páginas de la crítica de arte relativas al artista. En efecto, los colores “hallados” resultaban claros, vivaces, combinados con tal maestría pictórica que se reduce el efecto sin volumen de las figuras, determinado, inevitablemente, por la gran distancia entre el ojo del espectador y las pinturas mismas. Resulta de especial interés el uso de los “cangianti”, o sea la técnica de poner arrimados colores que crean intensos contrastes (como se ve en la figura de la Sibila de Delfos o en la del profeta Daniel, y más aun en los triángulos y en los lunetos) lo que sirve para aumentar los volúmenes y poner en evidencia el vigor de las masas”,